大腸內有許多細菌。細菌主要來自食物和空氣,它們由口腔入胃,最后到達大腸。大腸內的酸堿度和溫度對一般細菌的繁殖極為適宜,細菌便在這里大量繁殖。細菌中含有能分解食物殘渣的酶。糖及脂肪的分解稱為發(fā)酵,其產物有乳酸、醋酸、二氧化碳、沼氣、脂肪酸、甘油、膽堿等。蛋白質的細菌分解稱為腐敗,其產物有胨、氨基酸、氨、硫化氫、組胺、吲哚等,其中有的成分由腸壁吸收后到肝中解毒。
大腸內的細菌能利用腸內較為簡單的物質合成維生素B復合物和維生素K,它們由腸內吸收后,對人體有營養(yǎng)作用。
據估計,糞便中死的和活的細菌約占糞便固體重量的20-30%。