腭扁桃體呈卵圓形,粘膜一側表面覆有復層扁平上皮,上皮向固有層內陷入形成10~30個分支的的隱窩(crypt)。隱窩周圍的固有層內有大量彌散淋巴組織及淋巴小結。隱窩深部的復層扁平上皮內含有許多T細胞、B細胞、漿細胞和少量巨噬細胞與郎格漢斯細胞,稱為上皮浸潤部。上皮內還有一些毛細血管后微靜脈,是淋巴細胞進出上皮的主要通道。上皮細胞之間還有許多隧道樣細胞間通道,淺表的部分通道直接開口于表面,有的通道開口處覆有一個扁平的微皺褶細胞。上皮間隙內以T細胞多,這些經常遷移和更換。上皮內的漿細胞常分布在有孔毛細血管附近,有利于分泌的抗體進入血流。