腸結(jié)核主要位于回盲部，其他發(fā)病部位依次為升結(jié)腸、空腸、橫結(jié)腸、降結(jié)腸、闌尾、十二指腸和乙狀結(jié)腸等處，少數(shù)見于直腸。偶見食管結(jié)核、胃結(jié)核。
對結(jié)核分枝桿菌的免疫力與過敏反應(yīng)程度影響本病的病理性質(zhì)。當(dāng)人體的過敏反應(yīng)強，病變以炎癥滲出性為主；當(dāng)感染菌量多、毒力大，可發(fā)生干酪樣壞死，形成潰瘍，成為潰瘍性腸結(jié)核。機體免疫狀況良好，感染較輕，則表現(xiàn)為肉芽組織增生和纖維化，成為增生型腸結(jié)核。兼有這兩種病變者并不少見，稱為潰瘍增生型或混合型腸結(jié)核。
1.潰瘍型腸結(jié)核
腸壁淋巴組織呈充血、水腫及炎癥滲出性病變，進(jìn)一步發(fā)展為干酪樣壞死，隨后形成潰瘍，潰瘍邊緣不規(guī)則，深淺不一�？缮钸_(dá)肌層或漿膜層。并且累及周圍腹膜或鄰近腸系膜淋巴結(jié)。因為潰瘍基底多有閉塞性動脈內(nèi)膜炎，所以較少發(fā)生腸出血。因為在慢性發(fā)展過程中，病變腸段常與周圍組織緊密粘連，所以潰瘍一般不發(fā)生急性穿孔，但是可發(fā)生慢性穿孔而形成腹腔內(nèi)包裹性膿腫或腸瘺。在病變修復(fù)過程中，大量纖維組織增生和瘢痕形成可致腸管變形和狹窄。
2.增生型腸結(jié)核
多局限在盲腸。有時可累及升結(jié)腸近段或回腸末段，可見大量結(jié)核肉芽腫和纖維組織增生，局部腸壁增厚、僵硬，亦可見瘤樣腫塊突入腸腔，上述病變均可使腸腔變窄，引起梗阻。
3.混合型腸結(jié)核
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