手術(shù)治療為子宮內(nèi)膜異位癥的主要方法，因?yàn)樵谥币曄驴梢曰旧厦鞔_病灶范圍和性質(zhì)，對(duì)解除疼痛，促進(jìn)生育功能效果較好，療程短尤其對(duì)重癥者，纖維化多，粘連緊密，藥物不易奏效。較大卵巢內(nèi)膜樣囊腫，藥物治療無效，手術(shù)尚有可能保留有效卵巢組織。手術(shù)可分為保守性手術(shù)，半根治性手術(shù)和根治性手術(shù)3種。
1、保守性手術(shù)：主要用于年輕、有生育要求者。保留子宮及附件（盡量保留雙側(cè)），只是切除病灶，分離粘連，重建卵巢，修復(fù)組織。近年來應(yīng)用顯微外科手術(shù)，切除異位病灶，仔細(xì)縫合創(chuàng)面，重建盆腔腹膜，仔細(xì)止血，徹底沖洗，使手術(shù)效果臻于完善，提高手術(shù)后妊娠成功率，降低復(fù)發(fā)率。
1）腹腔鏡手術(shù)：通過腹腔鏡檢查，可明確診斷，可用特種設(shè)計(jì)的刀、剪、鉗等進(jìn)行病灶切除，分離粘連。在腹腔鏡下可用CO2激光器或氦-氖激光器燒灼病灶，即在恥骨聯(lián)合上2cm處做第二切口，激光刀通過這切口的套管進(jìn)入盆腔，在腹腔鏡直視下燒灼病灶。也可經(jīng)腹腔鏡穿刺吸出囊液，再用生理鹽水沖洗，然后注入無水乙醇5～10ml，固定5～10分鐘后吸出，最后用生理鹽水沖洗后吸出。
在腹腔鏡下還可行輸卵管通液檢查。
2）B超下行卵巢內(nèi)膜樣囊腫穿刺術(shù)：對(duì)手術(shù)剝離術(shù)后或腹腔鏡下穿刺后復(fù)發(fā)病例，可考慮超聲下穿刺術(shù)及藥物治療。
3）剖腹保守性手術(shù)：用于較嚴(yán)重病灶粘連患者，尤其是無腹腔鏡設(shè)備醫(yī)療機(jī)構(gòu)或腹腔鏡掌握不熟練者，皆可實(shí)行剖腹手術(shù)分離粘連，挖除卵巢子宮內(nèi)膜樣囊腫，盡可能保留正常的卵巢組織，如病灶僅限于一側(cè)且較重，另一側(cè)正常，有人主張將病側(cè)附件切除。這樣做妊娠率較保留病側(cè)卵巢后的妊娠率高。還可做簡(jiǎn)單子宮懸吊術(shù)。是否做骶前神經(jīng)切除值得商榷。
保守手術(shù)的重要目的之一，為希望妊娠足月分娩，故術(shù)前應(yīng)對(duì)夫婦雙方進(jìn)行徹底的不孕檢查。術(shù)后復(fù)發(fā)者仍可再次采用保守手術(shù)，仍可獲得療效。
2、半根治手術(shù)：無生育要求，病灶嚴(yán)重，而年齡較輕者（＜45歲），可行子宮和病灶全切，但盡可能保留一側(cè)正常的卵巢組織，以避免絕經(jīng)期癥狀過早出現(xiàn)。一般認(rèn)為半根治術(shù)后復(fù)發(fā)率低，后遺癥少。切除子宮可去除具有活力的子宮內(nèi)膜細(xì)胞種植的，從而可減少?gòu)?fù)發(fā)機(jī)會(huì)。但因保留了卵巢仍有可能復(fù)發(fā)。
3、根治性手術(shù)：年齡接近絕經(jīng)期，尤其病情重，有過復(fù)發(fā)者，應(yīng)實(shí)行全子宮及雙側(cè)附件切除。手術(shù)時(shí)盡可能避免卵巢內(nèi)膜囊腫破裂。囊液流出時(shí)應(yīng)盡快吸盡，沖洗。術(shù)后出現(xiàn)更年期綜合征者，可用鎮(zhèn)靜劑及尼爾雌醇。
腹壁、會(huì)陰切口處發(fā)生子宮內(nèi)膜異位癥者，應(yīng)徹底切除，否則會(huì)復(fù)發(fā)。
子宮內(nèi)膜異位癥患者常合并排卵功能障礙，故不論采用激素治療或保守性手術(shù)治療，皆可用HMG或/及克羅米芬促卵泡成熟排卵。
如為不育而實(shí)行保守手術(shù)治療者，可應(yīng)用激素治療3～6個(gè)月以鞏固療效。但有人認(rèn)為，術(shù)后1年是妊娠最易發(fā)生的時(shí)間，用丹那唑或假孕治療，反而減少受孕機(jī)會(huì)而不主張用。
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